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未納稅申報
產生公司股權轉讓行為但并不申報交納相對應稅款，公司股權轉讓雙方應屬不繳應納稅款的偷漏稅行為，將就會受到相對應稅務處罰，被投資企業若未完全履行報送材料的義務，也有將會面臨行政處罰。
1.股權受讓方
股權受讓方作為簽署股權轉讓協議的一方主體，依規依法應屬合同印花稅的納稅義務人應當依法申報并繳納印花稅，未按期申報并繳納的將受到補繳應納稅款并被處以罰款的行政處罰；其同時作為股權出讓方繳納個稅的扣繳義務人，未完全履行扣繳義務，未按期申報的，依據《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則有關規定將受到行政處罰，有可能被處予未申報稅款處罰金處罰。
2.股權出讓方
股權出讓方作為簽署股權轉讓協議的一方主體，依規依法應屬合同印花稅的納稅義務人應當依法申報并繳納印花稅，未按期申報并繳納的將受到補繳應納稅款并被處以罰款的行政處罰；其同時作為股權出讓方繳納個稅的納稅義務人，未完全履行納稅申報義務，未按期繳納稅款的，將受到補繳相對應稅款并處以罰款的行政處罰。
3.被投資企業
被投資企業在其自然人股東發生變化時具有履行報送相關資料的義務。依據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第二十二條第一款“被投資企業應當在董事會或股東會結束后5個工作日內，向主管稅務機關報送與股權變動事項相關的董事會或股東會決議、會議紀要等資料。
該條第二款規定“被投資企業產生個人股東變動或者個人股東所持股權變動的，應當在次月15日內向主管稅務機關報送含有股東變動信息的《個人所得稅基礎信息表（A表）》及股東變更情況說明。”被投資企業在其自然人股東發生變化時未依法履行報送相關資料義務的，依據管理辦法第二十七條，將依照《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則有關規定處理。
伴隨著稅收管理的全面深化改革，稅務局與工商局逐漸貫徹落實和優化股權信息交換制度，個人股權轉讓信息內容自動交互機制的廣泛推行，納稅者想通過不納稅申報躲避稅款目的將難以實現，否則會面臨雖轉讓股權但并不辦理變更登記的法律風險。
二、股權轉讓款存疑
依據實踐經驗，股權轉讓款存疑將會主要表現為0元轉讓、1元轉讓、等額轉讓、公司盈利但股權轉讓價格不合理折價轉讓、同一個公司短時間公司股權轉讓存在很大的差異等情形，若股權轉讓款存疑，可能會引起稅務局核定征收的情形。
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第十二條列舉了股權轉讓收入明顯偏低的六種情形：
（一）申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的。其中，被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產行業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產公允價值份額的；
（二）申報的股權轉讓收入低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款及相關稅費的；
（三）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同一個公司同一個股東或其他股東股權轉讓收入的；
（四）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同類行業的公司股權轉讓收入的；
（五）不具合理性的無償讓渡股權或股份；
（六）主管稅務機關認定的其他情形。
并非只要價格不合理即引發稅務局核定征收，若納稅者能夠證明該價格明顯偏低是基于正當理由，則稅務局將以公司股權轉讓雙方議定的價款予以計算應納稅額，依據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第十三條，納稅者能夠證明存在如下情形的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
（一）能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營面臨重大影響，導致低價轉讓股權；
（二）繼承或將公司股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
（三）相關法律、政府文件或企業章程規定，并有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
（四）公司股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
三、虛假納稅申報、提供資料不完整
納稅者存在虛假納稅申報，辦理公司股權轉讓納稅或扣繳申報時提供的資料不完整，引發稅務局合理懷疑的將可能成為稅務稽查重點對象，如不能提供完整且準確的股權原值證明材料；提供的股權轉讓合同內容可能會引起偷逃稅款合理懷疑的，如載明“雙方實際股權轉讓款以實際付款為準”等內容；依規依法應當進行資產評估但未能提供或拒不提供有效的資產價值評估報告的；股權轉讓款明顯偏低但不能提供有效的證明材料等情形。
四、頻繁公司股權轉讓行為
依據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》，各地稅務局加強個人股權轉讓的動態管理，建立公司股權轉讓個人所得稅電子臺賬，將自然人股東的相關信息錄入征管信息系統，強化對每次公司股權轉讓間股權轉讓收入和股權原值的審核，同時伴隨個人股權轉讓信息內容自動交互機制在全國范圍的廣泛推行，同一個自然人股東在一定期限內頻繁產生公司股權轉讓行為或同一個企業或關聯企業的股權一定期限內頻繁被轉讓的，將被識別并作為稅務稽查重點對象。
五、公司產生注冊資金變動
當公司產生注冊資金變動時，將會涉及引入投資者導致注冊資本增加亦將會通過資本公積轉增股本，或企業減少注冊資本時，可能會引起自然人股東個人所得稅納稅義務的產生，因此當企業注冊資本發生變化時，可能成為稅務稽查的重點對象。
如北京某公司股本由875萬元增加至7000萬元，6125萬元為資本公積轉增股本，有7名自然人股東的股本由540萬元增加到4320萬元，但無交納相關個人所得稅的記錄。稽查局對稅務登記中注冊資本增加沒有繳納印花稅記錄的企業進行約談時，發覺該公司上述所說情況。公司指出：按照198號文件規定的“股份制企業用資本公積金轉增股本，不屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的轉增股本數額，不作為個人經營所得，不繳納個人所得稅”，以及289號文件關于“‘資本公積金’是指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金。
該轉增股本的資本公積，應屬股本溢價發行形成的資本公積，不應繳納個稅。檢查人員檢查發現，該公司資本公積形成于2013年，是一家醫藥公司直接股權投資形成的，沒有股票發行過程，應屬投資者投入形成的資本公積增加，而非股票溢價發行形成，不符合上述文件的要求，應繳納個稅，最終做出補繳個人所得稅756萬元，處罰金378萬元的處罰決定。
六、交易雙方因公司股權轉讓發生糾紛
交易雙方因公司股權轉讓事宜發生糾紛，引發訴訟或仲裁時，可能導致稅務局對該公司股權轉讓行為的重點關注。
