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公司所得稅所規定的虧損主要是指根據所得稅法及其實施細則的規定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數額。企業納稅年度所發生的虧損，準予向以后年度結轉，用以后年度的所得彌補，但結轉年限最長不能超過五年。本文重點談談企業彌補虧損的相關注意事項。
一、境內盈利不可抵減境外虧損，境外應稅所得可彌補境內虧損
所得稅法規定，企業在匯總計算繳納稅款時，其境外營業機構的虧損不得抵減境內營業機構的盈利，但境外營業機構的應稅所得可彌補境內虧損。
二、境外虧損彌補采取“分國不分項”的原則
《財政部國家稅務總局關于企業境外所得稅收抵免有關問題的通知》（財稅[2009]125號）規定，在匯總計算境外應納稅所得額時，企業在境外同一國家（地區）設立不具有獨立納稅地位的分支機構，根據所得稅法及實施細則的有關規定計算的虧損，不得抵減其境內或他國（地區）的應納稅所得額，但可以用同一國家（地區）其他項目或以后年度的所得按規定彌補。此外，對境外虧損還要按規定區分是實際虧損額還是非實際虧損額，非實際虧損額結轉彌補期限不受5年期限制。
三、減免收入及所得不得彌補應稅虧損，應稅所得不得彌補減免所得
《國家稅務總局關于做好2009年度企業所得稅匯算清繳工作的通知》（國稅函[2010]148號）規定，對企業取得的免稅收入、減計收入以及減征、免征所得額項目，不得彌補當期及以前年度應稅項目虧損；當期形成虧損的減征、免征所得額項目，也不得用當期和以后納稅年度應稅項目所得抵補。
四、檢查調增的應納稅所得額可彌補虧損
《國家稅務總局關于查增應納稅所得額彌補以前年度虧損處理問題的公告》（2010年第20號）規定，稅務機關對企業以前年度納稅情況進行檢查時調增的應納稅所得額，凡企業以前年度發生虧損、且該虧損屬于所得稅法規定允許彌補的，應允許調增的應納稅所得額彌補該虧損。彌補該虧損后仍有余額的，根據所得稅法規定計算繳納稅款。
五、企業虧損仍可加計扣除和抵扣應納稅所得額
企業的研究開發費用和安置殘疾人員及國家鼓勵安置的其他就業人員所支付的工資，可以在計算應納稅所得額時加計扣除。對此項優惠，即使企業已經虧損，仍可再加計扣除應納稅所得額。
六、企業籌辦期間不計算為虧損年度
《國家稅務總局關于貫徹落實所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函[2010]79號）規定，企業自開始生產經營的年度，為開始計算企業損益的年度。企業從事生產經營之前進行籌辦活動期間發生籌辦費用支出，不得計算為當期的虧損，應按照《國家稅務總局關于公司所得稅若干稅務事項銜接問題的通知》（國稅函[2009]98號）第九條規定執行。
國稅函[2009]98號第九條規定，新稅法中開（籌）辦費未明確列作長期待攤費用，企業可以在開始經營之日的當年一次性扣除，也可以按照新稅法有關長期待攤費用的處理規定處理，但一經選定，不得改變。
七、資產損失造成虧損應彌補所屬年度
《財政部國家稅務總局關于企業資產損失稅前扣除政策的通知》（財稅[2009]57號）規定，企業境內、境外營業機構所發生的資產損失應分開核算，對境外營業機構由于發生資產損失而產生的虧損，不得在計算境內應納稅所得額時扣除。
八、取消合并納稅后以前年度尚未彌補虧損
《國家稅務總局關于取消合并納稅后以前年度尚未彌補虧損有關公司所得稅問題的公告》（2010年第7號）規定，企業集團取消了合并申報繳納稅款后，截至2008年底，企業集團合并計算的累計虧損，屬于符合《中華人民共和國所得稅法》第十八條規定5年結轉期限內的，可分配給其合并成員企業（包括企業集團總部）在剩余結轉期限內，結轉彌補。
九、合并分立中的虧損彌補
《關于企業重組業務公司所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）和《國家稅務總局關于發布〈企業重組業務企業所得稅管理辦法〉的公告》（國家稅務總局2010年第4號公告）主要規定了以下四種情況：
1.適用一般性稅務處理的合并，被合并企業的虧損不得在合并企業結轉彌補；
2.適用一般性稅務處理的分立，相關企業的虧損不得相互結轉彌補；
3.適用特殊性稅務處理的合并，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額=被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率；
4.適用特殊性稅務處理的分立，被分立企業未超過法定彌補期限的虧損額可按分立資產占全部資產的比例進行分配，由分立企業繼續彌補。
十、清算期間可依法彌補虧損
《關于企業清算業務公司所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]60號）規定，企業清算中應依法彌補虧損，確定清算所得，企業應將整個清算期作為一個獨立的納稅年度計算清算所得。《所得稅法》第五十三條規定，企業依法清算時，應當以清算期間作為一個納稅年度。
例7.某居民企業由于生產經營不善，于2010年10月停止生產經營，并著手辦理注銷登記。在辦理注銷前，企業按規定辦理了2010年度企業所得稅匯算清繳，申報2010年度納稅調整后所得為-300萬元。此外，2005-2009年度納稅調整后所得分別為-250萬元、-100萬元、30萬元、50萬元、80萬元。在注銷前，企業按規定辦理清算所得企業所得稅計算申報，由于企業不動產增值較大，企業清算所得為1000萬元，無免稅收入、不征稅收入和其他免稅所得。
計算：由于清算期間作為一個納稅年度，因此2005年度虧損最多只能結轉到2010年度進行彌補，尚未彌補的虧損250-30-50-80=90（萬元）不能結轉到清算期間彌補。企業清算期間可彌補2006年度的虧損100萬元，因此，清算期間應納稅所得額為1000-100=900（萬元）。
此外，企業在匯算清繳中應注意公司所得稅年度納稅申報表附表四《彌補虧損明細表》的填寫，特別是涉及稅務機關檢查調增、追補確認以前年度資產損失等導致的虧損額調整，應對應調整虧損年度相應行次的金額，避免相關數據填報錯誤。
