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近些年，隨著資本市場的活躍，企業并購等交易不斷增加，稅務稽查的頻率越來越多，力度越來越大，尤其是“股權轉讓”方面。那么，在公司股權轉讓的過程中，哪些行為會被重點稽查呢？需要注意的問題都有哪些？接下來，小編將帶您詳細了解~
一、未申報納稅
發生股權轉讓行為但不申報繳納相應稅款的，股權轉讓雙方屬于不繳應納稅款的偷稅行為，將會受到相應稅務行政處罰，被投資企業若未履行報送材料的義務，亦有可能受到行政處罰。
1.股權受讓方
股權受讓方作為簽署股權轉讓協議的一方主體，依法屬于印花稅的納稅義務人應當依法申報并繳納印花稅，未按期申報并繳納的將受到補繳應納稅款并被處以罰款的行政處罰；其同時作為股權出讓方繳納個人所得稅的扣繳義務人，未履行扣繳義務，未按期申報的，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則有關規定將受到行政處罰，可能被處以未申報稅款的罰款處罰。
2.股權出讓方
股權出讓方作為簽署股權轉讓協議的一方主體，依法屬于印花稅的納稅義務人應當依法申報并繳納印花稅，未按期申報并繳納的將受到補繳應納稅款并被處以罰款的行政處罰；其同時作為股權出讓方繳納個人所得稅的納稅義務人，未履行納稅申報義務，未按期繳納稅款的，將受到補繳相應稅款并處以罰款的行政處罰。
3.被投資企業
被投資企業在其自然人股東發生變化時具有履行報送相關資料的義務。根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第二十二條第一款“被投資企業應當在董事會或股東會結束后5個工作日內，向主管稅務機關報送與股權變動事項相關的董事會或股東會決議、會議紀要等資料。
”該條第二款規定“被投資企業發生個人股東變動或者個人股東所持股權變動的，應當在次月15日內向主管稅務機關報送含有股東變動信息的《個人所得稅基礎信息表（A表）》及股東變更情況說明。”被投資企業在其自然人股東發生變化時未依法履行報送相關資料義務的，根據管理辦法第二十七條，將依照《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則有關規定處理。
隨著稅收征管的深化改革，稅務機關與工商部門逐步落實和完善股權信息交換制度，個人股權轉讓信息自動交互機制的廣泛推行，納稅人想要通過不申報納稅逃避稅款的目的將無法實現，否則將面臨雖轉讓股權但不辦理變更登記的法律風險。
二、股權轉讓價款存疑
根據實踐經驗，股權轉讓價款存疑可能表現為0元轉讓、1元轉讓、等額轉讓、企業盈利但轉讓價格不合理的折價轉讓、同一企業短期內股權轉讓存在較大差異等情形，若股權轉讓價款存疑，可能引發稅務機關核定征收的情形。
《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第十二條列舉了股權轉讓收入明顯偏低的六種情形：
（一）申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的。其中，被投資企業擁有土地使用權、房屋、房地產企業未銷售房產、知識產權、探礦權、采礦權、股權等資產的，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產公允價值份額的；
（二）申報的股權轉讓收入低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款及相關稅費的；
（三）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入的；（四）申報的股權轉讓收入低于相同或類似條件下同類行業的企業股權轉讓收入的；
（五）不具合理性的無償讓渡股權或股份；
（六）主管稅務機關認定的其他情形。
并非只要價格不合理即引發稅務機關核定征收，若納稅人能夠證明該價格明顯偏低是基于正當理由，則稅務機關將以股權轉讓雙方意定的價款予以計算應納稅額，根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第十三條，納稅人能夠證明存在如下情形的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
（一）能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
（二）繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關系證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
（三）相關法律、政府文件或企業章程規定，并有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
（四）股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
三、虛假申報納稅、提供資料不完整
納稅人存在虛假申報納稅，辦理股權轉讓納稅或扣繳申報時提供的資料不完整，引發稅務機關合理懷疑的將可能成為稅務稽查重點對象，如不能提供完整且準確的股權原值證明材料；提供的股權轉讓合同內容可能引發偷逃稅款合理懷疑的，如載明“雙方實際股權轉讓價款以實際付款為準”等內容；依法應當進行資產評估但未能提供或拒不提供有效的資產價值評估報告的；股權轉讓價款明顯偏低但不能提供有效的證明材料等情形。
四、提供資料不完整
根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》，各地稅務機關加強個人股權轉讓的動態管理，建立股權轉讓個人所得稅電子臺賬，將自然人股東的相關信息錄入征管信息系統，強化對每次股權轉讓間股權轉讓收入和股權原值的審核，同時伴隨個人股權轉讓信息自動交互機制在全國范圍的廣泛推行，同一自然人股東在一定期限內頻繁發生股權轉讓行為或同一企業或關聯企業的股權一定期限內頻繁被轉讓的，將被識別并作為稅務稽查重點對象。
五、企業發生注冊資本變動
當企業發生注冊資本變動時，可能涉及引入投資者導致注冊資本增加亦可能通過資本公積轉增股本，或企業減少注冊資本時，可能引發自然人股東個人所得稅納稅義務的產生，因此當企業注冊資本發生變化時，可能成為稅務稽查的重點對象。
如北京某企業股本由875萬元增加至7000萬元，6125萬元為資本公積轉增股本，有7名自然人股東的股本由540萬元增加到4320萬元，但無繳納相關個人所得稅的記錄。稽查局對稅務登記中注冊資本增加沒有繳納印花稅記錄的企業開展約談時，發現該企業上述情況。企業認為：按照198號文件規定的“股份制企業用資本公積金轉增股本，不屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的轉增股本數額，不作為個人所得，不征收個人所得稅”，以及289號文件關于“‘資本公積金’是指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金。
該轉增股本的資本公積，屬于股本溢價發行形成的資本公積，不應繳納個人所得稅。檢查人員檢查發現，該企業資本公積形成于2013年，是一家醫藥公司直接股權投資形成的，沒有股票發行過程，屬于投資者投入形成的資本公積增加，而非股票溢價發行形成，不符合上述文件的要求，應繳納個人所得稅，最終做出補繳個人所得稅756萬元，罰款378萬元的處罰決定。
六、交易雙方因股權轉讓發生糾紛
交易雙方因股權轉讓事宜發生糾紛，引發訴訟或仲裁時，可能導致稅務機關對該股權轉讓行為的重點關注。
