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企業是最主要的納稅主體，特別是中小型企業創造了我國50%以上的稅收。但是相比大型企業，中小型企業因為對復雜的增值稅、消費稅、所得稅、個稅等知識缺乏系統的了解，比較容易在納稅環節發生風險。
一是賬外資金回流風險。
什么是賬外資金回流？簡單的說就是“內外賬”，比如做家具生意的老板賣了1000萬元的家具，但消費者也不要發票，于是經營者就把這些錢放進私人賬戶。后來企業需要進貨，缺少流動資金，這時候再通過老板的私人賬戶把這1000萬元轉回公司。這種做法非常容易被稅局認定為“賬外資金回流”，認為該公司通過賬外流動資金隱藏真實收入。要是被稽查，公司就會面臨“補稅+罰款+滯納金”的風險。
資金回流的本質，是財務報表資金流異常。因為按照資金回流程序，通常是因為公司賬內資金不夠用，所以才把賬外流動資金轉回來，轉回的資金就記在“其他應付款”稅項里，相當于公司欠經營者的錢。而一旦企業財務報表上顯示“其他應付款”金額過大，便容易被稅局認定為做“內外賬”，招致處罰風險。
如何化解？企業可以通過直接還款、應收款抵消（即用同一個人的應收款項抵消這個人的其他應付款）、過橋處理、債轉股（用公司賬面上的其他應付款轉化為持有公司股權）、增值還債等五種手段來化解該風險。
二是無票支出風險。
無票支出，就是企業采購付款后沒有取得發票，比較常見的行為是收購農產品、廢舊物資回收等，這些銷售方以農戶居多，開具發票本身不是很方便，由此造成無票支出。
無票支出容易給企業帶來風險。這是因為，如果沒有發票，就不能作為成本開支，即購進方無法進行增值稅進項稅的有效抵扣，也不能在計算所得稅應納稅所得額時有效稅前扣除。沒有成本開支就會造成利潤虛高、所得稅虛高，進而發生多交所得稅的情況。而有些企業為了不多交稅，便會選擇偷偷做假賬，購買發票來充數，進而形成偷稅漏稅，進一步放大這種風險，最終等來的是稅務機關的懲罰。
三是不合規發票入賬風險。
一般而言，私自印制、偽造、變造、作廢、虛開以及不規范填寫的發票，通通屬于不合規發票，不允許稅前扣除。就目前而言，隨著我國稅法打擊力度的加大，私自印制等現象導致的不合規發票數量已經大大減少。目前存在的不合規發票，主要是由于填寫和開具時不謹慎、以及開票信息不真實等原因帶來的。
比如，開票時沒有填寫購買方的納稅人識別號或者統一社會信用代碼的普通發票；填寫內容與實際交易不符合；發票類型與公司經營范圍不符、抬頭等不合規；使用原省級稅務機關印制的舊版發票；出租不動產，沒有在備注欄注明規定信息；發票沒有填寫付款方全稱；單用途卡銷售、充值與使用等環節發票開具不規范等等，這些行為均會造成發票不合規。對此，企業應該高度注意，在開具發票時避免出現上述問題，以防發票不合規，進而影響后續的報賬。
四是內部借款風險。
內部借款是指股東向公司借款。股東向公司借款有可能涉嫌抽逃注冊資本金，也可能涉嫌“視同分紅”，進而給公司帶來違規風險。如果股東借款超過一個納稅年度未歸還，還容易導致公司多繳納稅款。
五是銀行賬戶開立風險。
有些企業認為在銀行開立賬戶，純屬公司個人行為，可以肆無忌憚，不受管束。實則不然。根據《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》（國務院令第362號）規定，從事生產、經營的納稅人應當自開立基本存款賬戶或者其他存款賬戶之日起15日內，向主管稅務機關書面報告其全部賬號；發生變化的，應當自變化之日起15日內，向主管稅務機關書面報告。所以，企業在開立銀行賬戶后應及時報告給稅務機關，以免被罰。
此外，有些企業之所以在銀行開立多個賬戶，就是因為動機不純。有些企業為了隱瞞銷售收入，會在銀行開立多個存款賬戶進行資金劃轉，殊不知，這種是嚴重的違法行為，要是被稅務機關發現，就可能被認定為偷逃稅款，受到法律懲罰。
六是公司注銷風險。
有的企業自知自身賬務不清，流動資金來源不明，或涉及偷逃稅款等，經營者擔驚受怕，就想通過注銷公司的形式“消失滅跡”。但要知道，注銷公司一般要經過稅局倒追公司3-4年的稅務進行稽查和審計，屆時所有的稅務不合規行為都會暴露出來。所以，公司在注銷前要考慮到這一風險。如果一定要注銷，那么在注銷之前建議將不合規之處先糾正化解，以免衍生更大風險。
七是財政補貼涉稅風險。
財政補貼作為一種調節經濟的手段，可以有效激勵企業的生產經營活動，但是財政補貼收入的稅務處理也有風險需要注意。其中最大的風險是，為了避免繳稅，有些企業故意將財政補貼收入一律確認為不征稅收入。殊不知，根據企業所得稅法及其實施條例的規定，財政補貼收入要作為不征稅收入，應同時符合三個條件，分別是：一是公司能夠提供規定流動資金專項用途的資金撥付文件；二是財政部門或其他撥付資金的政府部門對該流動資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；三是公司對該流動資金以及以該流動資金發生的支出單獨進行核算。只有公司同時滿足這三個條件，才有資格將政府補貼收入計入不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除，否則不可以。如果貿然行事，就會違反法律規定。
另外，還有些企業將財政補貼收入用于支出直接稅前扣除。對此要注意，企業所得稅法實施條例第二十八條明確：一是明確企業的不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；二是明確企業的不征稅收入用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。所以，如果企業已將財政補貼收入用于支出所形成的費用扣除，則需要在年度匯算清繳時，及時對已扣除的費用進行納稅調增。
八是個人合伙公司個稅風險。
如果企業的性質是個人合伙公司，是不需要繳納企業所得稅的。所得稅的納稅人必須具有法人資格，而個人合伙公司不是法人實體，不以公司名義對外承擔責任，所以不需要繳納企業所得稅。
但是，個人合伙公司卻是要交個人所得稅的。個人合伙企業的收入總額減成本、費用以及損失后的金額應作為生產經營所得，比照個體工商戶的生產經營所得應稅項目，計算征收個人所得稅。如若疏忽不交，則可能會被處以少繳稅款50%以上5倍以下的罰款；構成犯罪的，還要依法追究相應的刑事責任。
九是上市公司計稅風險。
上市公司管理結構復雜，股權結構也很龐雜。其主要包含的涉稅風險包括，一是發放非任職于本公司的獨立董事報酬，未按“勞務報酬”所得規定計算繳納個人所得稅。二是自然人投資方股權變更交易發生增值的，到市場監督管理局進行投資方變更前未進行個人所得稅的申報繳納。三是全年一次性獎金單獨計稅辦法在一個納稅年度內多次使用。四是個稅專項附加應享受未享受、或不應享受而進行了享受、或填寫扣除信息不真實等等。
十是員工利益涉稅風險。
企業在給員工發放薪酬、解除勞動關系時等等，也存在涉稅風險。比如，企業在給職工發放各類補貼、獎金、實物、購物卡、禮品時，未折算價值作為工資薪金并按稅法規定減除費用扣除標準后，按“工資、薪金所得”應稅項目扣繳個人所得稅。再如，企業支付勞務報酬時，稿酬、特許權使用費未按規定代扣代繳個人所得稅。再比如，企業解除勞動關系而支付給個人一次性補償金時，超過當地上年職工平均工資3倍的部分未按工資、薪金所得代扣代繳個人所得稅。最后，企業為員工繳納的養老保險、醫療保險、失業保險和住房公積金超過允許標準的部分未扣繳個人所得稅等等。這些涉及員工切身利益的風險不僅企業財務人員應該注意，員工作為自身利益的維護者也要更加留意，要學會主動維護自身的合法權益，避免自身利益受到損失。
